『資料』-『決算』-『青色申告決算書』で「青色申告特別控除額」を650,000円に変更して登録してください。
▼かんたん！会計・青色申告／『資料』-『決算』-『青色申告決算書』


 

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【補足】
『青色申告決算書』で「青色申告特別控除額」を650,000円に変更して［印刷（P）］をクリックすると、「電子申告しない場合の、青色申告特別控除額は55万円になります。紙に印刷して申告される場合、青色申告特別控除額は55万円に修正してください。このまま印刷しますか？」のメッセージが表示されます。

▼《MJSかんたん！会計》


e-Taxによる電子申告はせず、紙に印刷して郵送などで提出する場合は［いいえ（N）］をクリックして「青色申告特別控除額」を550,000円に修正してください。
電子申告する場合は［はい（Y）］をクリックし、印刷プレビューより「青色申告特別控除額」に650,000円と表示されることをご確認ください。

▼「所得税青色申告決算書（一般用）」プレビュー