通勤費は、『社員』から「社員の編集」を開き［通勤費］タブで「交通区分」を指定することで、自動で課税通勤費と非課税通勤費に振り分けられます。
以下の手順をご覧ください。


通勤費登録手順
 

（1）『設定』-『社員』を開き、通勤費を設定する社員を選択して［編集（M）］をクリックします。

▼かんたん！給与／『設定』-『社員』

（2）「社員の編集」が表示されますので、［通勤費］タブで該当する「交通区分」を指定し、「支給額」を入力して［登録（F8）］をクリックします。

▼かんたん！給与／『設定』-『社員』-「社員の編集」-［通勤費］タブ

通勤費登録手順は以上となります。
『給与』-『給与明細一覧』で該当の社員を選択して［明細入力（Z）］をクリックし、「給与明細入力」で課税通勤費と非課税通勤費の金額が明細に表示されているかご確認ください。

▼かんたん！給与／『給与』-『給与明細一覧』-「給与明細入力」


 

【参考】
手順（2）で選択した交通区分を元に、1か月あたりの通勤費について非課税限度額を超えた額が課税通勤費になります。
非課税限度額については国税庁のホームページをご覧ください。

（国税庁ホームページ）
ホーム＞利用者別に調べる＞源泉徴収義務者の方＞通勤手当の非課税限度額の引上げについて
https://www.nta.go.jp/users/gensen/tsukin/index2.htm