『台帳』-『得意先一覧』-［販売情報］タブにある用紙設定欄で、「手書き」以外の設定（未設定を含む）になっている場合、自動的にカウントされます。
納品書発行が不要な場合は、該当する得意先の用紙設定を「手書き」に変更してください。これによりカウントされなくなります。
また、売上伝票一括印刷機能などを使用して、該当の伝票を表示し「印刷済み」にすることもできます。