固定資産リストの登録の際に、事業割合を設定することができます。

［台帳］-［固定資産リスト］から該当の固定資産の編集画面を開き、［当期償却情報］タブから事業割合を設定してください。

上記設定をした上で、決算時に［資料］-［決算］-［減価償却費自動仕訳の作成］を実行することで、事業割合分の金額で減価償却費仕訳が自動作成されます。