『減価償却仕訳の作成』を複数回実行すると、上書きではなく追加となるため、減価償却費が重複して集計されていることが考えられます。元帳などから減価償却費の自動仕訳を一旦すべて削除してから、再度『減価償却仕訳の作成』を実行してください。
減価償却費の自動仕訳を削除して再作成する手順
※かんたん!会計を例に手順をご説明いたします。かんたん!青色申告でも同様です。
<自動仕訳の削除>
(1)『資料』-『元帳』の「科目」欄で「減価償却費」を選択すると、

が表示されている仕訳が表示されます。
下記(2)~(3)の手順を繰り返し、

が表示されている仕訳をすべて削除します。
▼かんたん!会計/『資料』-『元帳』-科目「減価償却費」

(2)削除する明細を選択して[ズーム(Z)]をクリックし、『振替伝票』を表示します。続いて、[削除(D)]をクリックすると「この取引を削除します。よろしいですか?」のメッセージが表示されますので、[はい(Y)]をクリックします。
▼かんたん!会計/『資料』-『元帳』-『振替伝票』-《MJSかんたん!会計》

(3)[登録(F8)]をクリックすると『資料』-『元帳』に戻ります。
▼かんたん!会計/『資料』-『元帳』-『振替伝票』
[再集計]をクリックして削除した仕訳が表示されなくなることを確認します。
▼かんたん!会計/『資料』-『元帳』

<減価償却仕訳の再作成>
(4)『資料』-『決算』-『減価償却仕訳の作成』で[実行(F8)]をクリックすると、「仕訳を作成しました。作成した仕訳を表示しますか?」というメッセージが表示されますので、[はい(Y)]をクリックして、減価償却仕訳を作成し直します。
▼かんたん!会計/『資料』-『決算』-『減価償却仕訳の作成』-《MJSかんたん!会計》

(5)『振替伝票』に自動作成された減価償却仕訳が表示されますので、[登録(F8)]をクリックします。
▼かんたん!会計/『資料』-『決算』-『減価償却仕訳の作成』-『振替伝票』

減価償却費の自動仕訳を削除して再作成する手順は以上となります。
青色申告決算書の損益計算書(1ページ目)の「減価償却費」の金額と、減価償却費の計算(3ページ目)の「本年分の必要経費の算入額」の合計が一致するかご確認ください。
▼「青色申告決算書(損益計算書、減価償却費の計算)」プレビュー
