取引明細連携から作成した仕訳も作成後は通常の仕訳と同様に扱われるため区別することはできません。

既に手入力で登録済みの仕訳と同一の仕訳を、取引明細連携から作成しようとした場合には、《重複確認》画面で警告されます。
※手入力における重複確認は行いません。