普通償却費の端数処理は、『会社情報』の減価償却情報にある「端数処理（K）」の設定に基づいて計算されます。
青色申告決算書の「（ホ）本年分の普通償却費）」の金額が合わない場合は、『会社情報』で端数処理の設定（「切り捨て」「切り上げ」「四捨五入」から選択）を変更後、元帳などから減価償却費の自動仕訳を一旦すべて削除して、再度『減価償却仕訳の作成』を実行してください。

▼かんたん！会計/青色申告／『台帳』-『会社情報』


 

【参考】
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」では、減価償却費の計算時に小数点以下の端数が生じた場合、切り上げ処理が行われています。

（国税庁ホームページ）
令和6年分よくある質問＞青色申告決算書・収支内訳書＞必要経費＞減価償却費＞減価償却費の端数処理
https://www.keisan.nta.go.jp/r6yokuaru/aoiroshinkoku/hitsuyokeihi/genkashokyakuhi/hasushori.html